Program Studi Pendidikan Agama Islam berada di Fakultas Ilmu Sosial Universitas Negeri Jakarta (untuk selanjutnya disebut PS PAI FIS UNJ). PS PAI FIS UNJ merupakan kelanjutan dari Program Studi Ilmu Agama Islam (di singkat PS IAI). PS IAI FIS UNJ merupakan program studi keagamaan Islam pertama yang didirikan di perguruan tinggi umum (PTU) di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI,  didirikan pada tahun 2004 berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 4883/D/T/2004 tertanggal 31 Desember 2004 dengan nama Program Studi Ilmu Agama Islam. Berdasarkan SK Rektor UNJ No. 236/SP/2011 PS IAI membuka  2 (dua) konsentrasi yaitu Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) dan Ilmu Pendidikan Islam (IPI).

Pada tahun 2012, PS IAI FIS UNJ telah mendapatkan akreditasi untuk pertama kalinya berdasarkan SK BAN PT no. 017/BAN-PT/Ak-XV/S1/VI/2012 dengan peringkat akreditasi “B“. Pada 2017, PS IAI FIS UNJ diakreditasi untuk kedua kalinya berdasarkan SK BAN PT No. 4124/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2017 dengan peringkat terakreditasi “A” (terlampir). Pada tahun 2021, berdasarkan rekomendasi Dirjen Pendis Kemenag RI No. B-2403.1/BD.I/PP.01/08/2021 direkomendasikan perubahan nama PS IAI menjadi PS PAI. Selanjutnya rekomendasi tersebut ditindaklanjuti oleh SK Mendikbudristek Republik Indonesia No.: 49/E/0/2022 tentang Perubahan Nama Program Studi Ilmu Agama Islam Program Sarjana Menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam Program Sarjana Pada Universitas Negeri Jakarta di Jakarta. UPPS FIS UNJ berada di Jl. Rawamangun Muka Jakarta Timur, tepatnya di Lt.II Ruang 207, Gedung K Fakultas Ilmu Sosial Univeristas Negeri Jakarta. https://fis.unj.ac.id/ No.Telp.(021) 4890108, 4753655, Fax (021) 4753655.